NAMD dan VMD

Dari PaloDozen

NAMD dan VMD adalah sepasang perangkat lunak untuk simulasi dan visualisasi molekular.

Daftar isi

Mengunduh

Situs NAMD dan VMD ada di http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/. Untuk mengunduh sudah ada kaitannya di situ, namun sebelumnya harus registrasi dulu.

Pemasangan

NAMD dipasang di /opt/MD/NAMD, sementara itu VMD terpasang di /usr/local.


Pemakaian

Login ke server

Untuk memakai NAMD, dari komputer klien Linux, jalankan terminal, lalu:

$ ssh nama@dozen.tf.itb.ac.id

Kemudian jalankan lagi sebuah terminal ke-2 untuk menjalankan VMD, kali ini pakai option -X agar bisa remote X-Windows

$ ssh nama@dozen.tf.itb.ac.id

Menyiapkan Data

Setelah masuk server di remote terminal 1, siapkan data untuk vmd dan namd.

$ mkdir -p work
$ cd work
$ tar -xzf /opt/source/alanin.tar.gz
$ cd alanin


Menjalankan NAMD

Dari terminal ke-1, panggil:

$ namd2 alanin.conf

Menjalankan VMD

Dari terminal ke-1, panggil:

$ vmd

Di layar komputer anda akan muncul dua layar VMD. Pada layar main, muatlah data dengan cara:

  • Pilih menu File - New Molecule
  • Muat file work/alanin/alanin.pdb

Berkas:Vmd-Open_Molecule_File.png

Kemudian kita koneksikan VMD ke NAMD dengan cara:

  • Pilih menu Extensions - Simulation - IMD Connect
  • Pada dialog IMD Connection, isikan Hostname: localhost, Port: 2030
  • Klik Connect

Berkas:VMD-IMD_Connection.png

VMD akan menampilkan simulasi yang dijalankan oleh NAMD.


Acuan


Kontributor: Mursito