Molden adalah perangkat lunak untuk menampilkan densitas molekular. Di sini dipakai untuk menampilkan keluaran dari Gaussian
Daftar isi |
Secara umum, Molden dapat menampilkan:
Untuk itu Molden menyediakan plot kontur, plot grid 3D, dan kombinasi keduanya.
Molden bersifat open source, namun terbatas hanya untuk penggunaan akademik.
Situs Molden ada di http://www.cmbi.ru.nl/molden/. Petunjuk download ada di situ, pilihlah versi yang sesuai dengan sistem operasi anda.
Untuk pemasangan kali ini, dipakai versi source code yang masih harus dikompilasi dulu.
Lalukan ini sebagai user
mkdir -p src cd src tar -xzf ../Download/molden cd molden4.7
Edit makefile. untuk Linux 64bit, ubah baris berikut:
CFLAGS = -c -I/usr/X11R6/include -DDOBACK -DHASTIMER -DCOLOR_OFFSET=0.0 #FC = g77 # Ubah supaya pakai gfortran FC = gfortran LDR = ${FC} FFLAGS = #LIBS = -L/usr/X11R6/lib -lX11 -lm # Ubah untuk Linux 64 bit: LIBS = -L/usr/X11R6/lib64 -lX11 -lm LIBSG = -L/usr/X11R6/lib64 -lGLU -lGL -lXmu -lX11 -lm
Tinggal panggil
make
Jadilah root, kemudian salin secara manual
mkdir -p /share/apps/molden cp molden /share/apps/molden cp gmolden /share/apps/molden
Buatlah dua script untuk meluncurkan molden:
#!/bin/sh # #export TA_ROOT=/share/apps/sybyl64 #export TNK_ROOT=/share/apps/tinker #export MOPAC_ROOT=/share/apps/mopac93 #export GAMESS_ROOT=/share/apps/gamess export g03root=/share/apps/g03 /share/apps/molden/molden $*
#!/bin/sh # #export TA_ROOT=/share/apps/sybyl64 #export TNK_ROOT=/share/apps/tinker #export MOPAC_ROOT=/share/apps/mopac93 #export GAMESS_ROOT=/share/apps/gamess export g03root=/share/apps/g03 /share/apps/molden/gmolden $*
Buat keduanya menjadi executable
chmod +x /share/apps/bin/*molden
Pemakai yang ingin memakai molden, harus login ke server dengan SSH dan mengaktifkan X redirection.
[user@klien] ssh -X user@dozen.tf.itb.ac.id password: [user@dozen] molden &
Kontributor: Mursito