Molden

Dari PaloDozen

Molden adalah perangkat lunak untuk menampilkan densitas molekular. Di sini dipakai untuk menampilkan keluaran dari Gaussian

Daftar isi

Deskripsi

Secara umum, Molden dapat menampilkan:

  • Orbital molekular
  • Densitas elektron
  • Molecular minus Atomic density

Untuk itu Molden menyediakan plot kontur, plot grid 3D, dan kombinasi keduanya.

Lisensi

Molden bersifat open source, namun terbatas hanya untuk penggunaan akademik.

Mengunduh

Situs Molden ada di http://www.cmbi.ru.nl/molden/. Petunjuk download ada di situ, pilihlah versi yang sesuai dengan sistem operasi anda.

Pemasangan

Untuk pemasangan kali ini, dipakai versi source code yang masih harus dikompilasi dulu.

Ekstrasi

Lalukan ini sebagai user

mkdir -p src
cd src
tar -xzf ../Download/molden
cd molden4.7

Sesuaikan makefile

Edit makefile. untuk Linux 64bit, ubah baris berikut:

CFLAGS = -c -I/usr/X11R6/include -DDOBACK -DHASTIMER -DCOLOR_OFFSET=0.0         

#FC = g77
# Ubah supaya pakai gfortran
FC = gfortran                                                                   

LDR = ${FC}
FFLAGS =                                                                        

#LIBS =  -L/usr/X11R6/lib -lX11 -lm                                             
# Ubah untuk Linux 64 bit:                                                              
LIBS =  -L/usr/X11R6/lib64 -lX11 -lm                                            
LIBSG = -L/usr/X11R6/lib64 -lGLU -lGL -lXmu -lX11 -lm 

Kompilasi

Tinggal panggil

make

Pasang

Jadilah root, kemudian salin secara manual

mkdir -p /share/apps/molden
cp molden /share/apps/molden
cp gmolden /share/apps/molden

Buat Script Peluncur

Buatlah dua script untuk meluncurkan molden:

  • /share/apps/bin/molden
#!/bin/sh                                                                       
#                                                                               
#export TA_ROOT=/share/apps/sybyl64                                             
#export TNK_ROOT=/share/apps/tinker                                             
#export MOPAC_ROOT=/share/apps/mopac93                                          
#export GAMESS_ROOT=/share/apps/gamess                                          
export g03root=/share/apps/g03                                                  
                                                                                
/share/apps/molden/molden $*
  • /share/apps/bin/gmolden
#!/bin/sh                                                                       
#                                                                               
#export TA_ROOT=/share/apps/sybyl64                                             
#export TNK_ROOT=/share/apps/tinker                                             
#export MOPAC_ROOT=/share/apps/mopac93                                          
#export GAMESS_ROOT=/share/apps/gamess                                          
export g03root=/share/apps/g03                                                  
                                                                                
/share/apps/molden/gmolden $*

Buat keduanya menjadi executable

chmod +x /share/apps/bin/*molden


Mencoba

Pemakai yang ingin memakai molden, harus login ke server dengan SSH dan mengaktifkan X redirection.

[user@klien] ssh -X user@dozen.tf.itb.ac.id
password:
[user@dozen] molden &

Berkas:Molden.png


Kontributor: Mursito