Bantuan:Memakai Kluster

Dari PaloDozen

Mereka yang telah terdaftar sebagai peneliti, akan dibuatkan akun agar dapat menggunakan kluster secara remote (namun maaf, untuk saat ini akses masih dibatasi dikalangan ITB saja). Berikut ini petunjuk singkatnya menggunakan klien Linux. Untuk klien Windows lihat Bantuan:Memakai_Kluster_Klien_Windows.

Terminal

Akses ke kluster dilakukan secara remote. Anda bisa menggunakan komputer klien dari mana saja, asal terkoneksi ke Internet

Dari desktop Linux (GUI), anda perlu menjalankan program Terminal. Pada Linux UBuntu, itu ada di menu "Applications - Accessories - Terminal". Selanjutnya pada terminal, panggil (di sini "tamu" adalah nama akun anda).

[tamu@klien]$ ssh -X tamu@dozen.tf.itb.ac.id
Password: ********
[tamu@dozen]$

Jika perlu, anda dapat membuka beberapa Terminal sekaligus dengan membuka tab baru.

Salin Berkas antara Klien dan Kluster

Untuk menyalin data dari klien ke kluster, dan sebaliknya, pada klien buka terminal lalu jalankan MC.

[tamu@klien]$ mc

Akan muncul layar dengan panel kiri dan kanan. Untuk koneksi panel kanan ke kluster:

Pilih menu "Right - Shell Link"
Pada kotak isian, isikan "tamu@dozen.tf.itb.ac.id"
Pada bagian bawah akan ada baris menanyakan sandi. Isikan saja.
MC akan menampilkan isi remote $HOME di panel kiri. Anda dapat bekerja dengan mc seperti biasa.

Lihat bagian bawah untuk menu yang dapat digunakan. Tekan tombol F? untuk mengaksesnya, misalnya saja:

F5 : menyalin file/folder
F6 : memindah file/folder
F7 : membuat folder
F8 : menghapus file/folder

Manajemen Folder dan File

Saat bekerja di komputer remote (dozen), gunakan program Midnight Commander (MC) untuk

menelusuri folder
menata folder dan file (membuat, menyalin, memindah, menghapus).
melihat isi file.
menyunting isi file. Editor mc lumayan mudah dipakai (dibanding vi).

Untuk menggunakan mc, tinggal panggil

[tamu@dozen]$ mc

Perhatikan bahwa setiap pengguna memiliki folder $HOME, di /home/nama. Pastikan bahwa anda hanya menaruh file-file pribadi di folder tersebut.

Skrip Inisialisasi

Saat seorang pengguna login, maka ada skrip (program kecil) yang otomatis dijalankan oleh sistem. Seperti terlihat pada Gambar mc sebelumnya, skrip-skrip tersebut berada di $HOME dengan nama dimulai dengan . (titik). Di Linux, artinya file-file tersebut tersembunyi (hidden). Untuk mengatur lingkungan kerja anda, editlah file .bash_profile, misalnya demikian:

# .bash_profile
# tanda pagar di depan baris artinya komentar

# bagian ini wajib ada, jangan diotak-atik
# Get the aliases and functions
if [ -f ~/.bashrc ]; then
        . ~/.bashrc
fi

# User specific environment and startup programs

# tempat program
# tambahkan /share/apps/bin
PATH=$PATH:$HOME/bin:/share/apps/bin

export PATH

Membuat program

Hampir semua kegiatan di kluster adalah melakukan pemrograman parallel, kemudian menjalangak dan memantau hasilnya. Untuk itu, langkah-langkah umum yang dianjurkan adalah:

Buat folder kerja untuk setiap proyek, misal $HOME/work/program1
Buat folder-folder standar di situ, umumnya:
- src : untuk kode sumber dan tempat melakukan kompilasi
- bin : untuk hasil kompilasi
- input : menaruh data masukan
- output : menatuh data luaran
Buat kode sumber di folder srs, sunting seperlunya
Buat makefile untuk mengkompilasi program
Kompilasi dengan perintah "make"
Pasang dengan perintah make install

Menjalankan Program

Karena kluster ini punya banyak compute node, dan juga dipakai oleh banyak orang, maka seluruh program WAJIB dijalankan memakai Sun Grid Engine (SGE). SGE inilah yang akan menjadwalkan program dari semua orang dengan efisien ke banyak compute node. Silahkan membaca langkah detail di petunjuk memakai Sun Grid Engine.

Sekali lagi, WAJIB memakai Sun Grid Engine.

Logout

Kalau sudah selesai bekerja, jangan lupa untuk logout. Caranya cukup mengetik exit di Terminal remote.

[tamu@dozen]$ exit

Kontributor: Mursito